Hasta el desarrollo del psicoanálisis el modelo metodológico para el diagnóstico fue la obtención de información mediante la observación y el interrogatorio, clasificando los datos e investigando sus relaciones mutuas, simultáneas o secuenciales, o con condiciones referentes antigua tarea que se conoce como semiología médica. En el siglo XIX se instala en la medicina el criterio de articular los datos semiológicos, primero con las alteraciones anatómicas subyacentes, y más tarde con las alteraciones fisiopatológicas., dando lugar a nuevos sistemas clasificatorios, basados en la reunión nosográfica de las entidades y el paradigma de la “lesión”. De este modo manifestaciones clínicas distantes entre si por su apariencia o presentación pasaron a agruparse en conjuntos desde una teoría etiológica, anatómica o fisipatológica. Freud, que también fue formado en esta actitud médica, creó una nosografía nueva al agrupar enfermedades de compromiso sensoriomotor como las histerias, con enfermedades de la mente como las neurosis obsesivas. Pero el nuevo conjunto quedó definido por su etiología de “conflicto” psíquico, dirimido en un campo teórico extraconciente.

Freud utilizó aquí una hipótesis de términos funcionales, es decir, la clase de modelo que habitualmente el científico espera poder objetivar en algún momento con datos empíricos, pero sin desconocer que probablemente su construcción está destinada a permanecer como teórica. Con la técnica de la asociación libre, el método interpretativo, y el despliegue de la teoría etiológica basada en la motivación psíquica, los psicoanalistas fueron adquiriendo el mayor liderazgo en la recopilación de información clínica, tarea que producía sus mayores rendimientos en el curso de los tratamientos mismos.

Hasta entonces la investigación de la motivación humana no tenía cuerpo científico, y la comprensión de la vida psíquica, fuera esta normal o anormal, había sido encarada más profundamente por escritores que por psiquiatra alguno. El mismo Freud: escribía en la epicrisis de Isabel de R., "... a mí mismo me causa singular impresión el comprobar que mis historiales clínicos carecen por decirlo así, del severo sello científico y presentan más bien un aspecto literario, pero me consuelo pensando que este resultado depende por completo de la naturaleza del objeto y no de mis preferencias personales. Freud se está refiriendo al “conflicto” psíquico como un nuevo paradigma

Llegando a la época de las neurociencias, el estudio de las alteraciones neuroquímicas en la transmisión sináptica y extrasináptica